Seja de carro ou de ônibus, existem dois trajetos para chegar no CEBIMar partindo de São Paulo.
Viajando de carro a partir de São Paulo:
- Pela Rodovia Ayrton Senna até a Rodovia Carvalho Pinto e desta até a Rodovia dos Tamoios (SP-99), chegando em Caraguatatuba.
De Caraguatatuba siga até São Sebastião pela Rodovia Dr. Manoel Hypólito do Rego (SP-55) até o km 131,5 onde está localizado o CEBIMar, após o Balneário dos Trabalhadores (a 5 km do centro da cidade).
- Pelo Sistema Anchieta / Imigrantes até a Rodovia Piaçaguera-Guarujá (SP-140), próxima de Cubatão. Siga até a Rodovia Dr. Manoel Hypólito do Rego (SP-55) em São Sebastião. O CEBIMar fica a cerca de 1 km após a Praia de Barequeçaba, no km 131,5.
Viajando de ônibus:
A Rodoviária de São Sebastião está localizada a 5 km do CEBIMar. Há um ônibus que passa em frente a ela com destino à Praia do Guaecá. Neste trajeto há uma parada exatamente em frente ao portão do Centro. Solicite ao motorista que pare no Ponto do Laboratório da USP ou Ponto do CEBIMar. Alguns ônibus, como os que vêm de Santos, Mogi e São Paulo (via Bertioga), passam em frente ao portão do CEBIMar antes de chegar à Rodoviária. Se for o seu caso, solicite ao motorista para descer antes do fim da viagem no ponto do CEBIMar (o ponto seguinte ao da Praia de Barequeçaba).