O acervo bibliográfico-acadêmico do CEBIMar compreende uma vasta coleção relacionada às ciências marinhas, com enfoque na área biológica. A produção intelectual abrange artigos científicos, teses e dissertações, bem como publicações voltadas à divulgação e educação científicas, destacando-se os folhetos e e-books educativos.
Este material está todo disponível impresso ou na sua versão digital na Biblioteca “Harry M. Miller Jr.” do CEBIMar ou na Biblioteca Digital de Produção Intelectual da USP.
O CEBIMar possui também com uma coleção iconográfica que retrata o cotidiano e a história da instituição, composta por fotografias reunidas na Galeria de Imagens.