O CEBIMar conta com aproximadamente 3.000m² de área construída em uma área total perto de 50.000m². Localiza-se dentro da Área de Relevante Interesse Ecológico de São Sebastião (ARIE de São Sebastião), uma unidade de conservação estadual.
Possui laboratórios, alojamento, auditório e refeitório, preenchendo todos os requisitos para receber pesquisadores, cursos e eventos.
Laboratório Paulo Sawaya
Construído em 1954 e ampliado em 1961, foi reconstruído com apoio da Fapesp e reinaugurado em 2000. Conta hoje com 12 salas equipadas com água do mar corrente e rede de ar comprimido, além de outras 11 salas de apoio operacional.
Laboratório Erasmo Garcia Mendes
Construído em 1994 com recursos do BID (Banco Interamericano de Desenvolvimento), possui 14 salas, 13 delas com bancadas equipadas com água do mar corrente e rede de ar comprimido.
Biblioteca Harry M. Miller Jr.
Construída com recursos da Fundação Rockefeller e inaugurada em 1975, a Biblioteca conta com livros, teses, periódicos, além de mapas, cartas náuticas e rico acervo de separatas.
Além de atender aos usuários da USP, oferecendo serviços de empréstimos de publicações e comutação bibliográfica, é aberta para consulta a toda a comunidade.
Auditório
Inaugurado em 1973, conta com recursos multimídia e tem capacidade para 60 pessoas.
Alojamento
Também inaugurado em 1973, tem capacidade para 55 pessoas acomodadas em 12 quartos e 4 apartamentos, sendo um dos apartamentos adaptado para portadores de necessidades especiais.
Restaurante universitário
Foi construído em 1954, na época como casa de hóspedes, e posteriormente remodelado para comportar cozinha e refeitório. Serve refeições para funcionários, pesquisadores, docentes, alunos e outros profissionais vinculados às atividades do CEBIMar.