Além dos projetos desenvolvidos por docentes de seu próprio quadro, o CEBIMar também apoia trabalhos de pesquisadores externos, que utilizam suas instalações e serviços para desenvolver projetos de mestrado, doutorado, pós-doutorado, trabalhos de conclusão de curso, estágios, iniciação científica, entre outros.
O CEBIMar também integra o Programa de Pós-Doutorado e Pesquisador Colaborador da USP.
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