Logo após a fundação da USP, não poucos reclamavam um laboratório à beira mar que oferecesse possibilidades de pesquisa marinha. Em 1934, o Professor Ernest Bresslau, fundador do Departamento de Zoologia da USP, insistia para que o governo do estado adquirisse a Ilha das Palmas (Santos, SP) e aí construísse um laboratório para estudos marinhos.
Embora essa iniciativa não tivesse êxito, muitos trabalhos sobre biologia marinha foram efetuados no litoral paulista. Inúmeros foram os estágios na Ilha das Palmas, Itanhaém, Peruíbe, Bertioga, São Sebastião e Ilhabela, quando se transportava todo o equipamento indispensável, como lupas, microscópios, redes, etc. Pesquisadores e alunos alojavam-se em hotéis locais ou em acampamentos improvisados. Alguns trabalhos importantes, inclusive em colaboração com pesquisadores estrangeiros, como C. Pantin, foram realizados numa pequena sala emprestada pelo Centro de Saúde de São Sebastião.
Devido às inúmeras dificuldades enfrentadas, alguns professores da USP adquiriram um terreno localizado a cerca de 6 km ao sul do centro da cidade de São Sebastião (SP) objetivando erigir um instituto onde pudessem realizar pesquisas e cursos. A Fundação Instituto de Biologia Marinha (IBM) foi criada em 14 de fevereiro de 1955, seus estatutos sendo aprovados pelo Conselho Universitário da USP. Os membros fundadores da instituição foram: Paulo Sawaya, Erasmo G. Mendes, Domingos Valente, George A. Edwards, João Paiva Carvalho, além do então Reitor José Mello Morais e do Diretor da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras, Eurípedes Simões de Paula. Para a implantação das primeiras instalações, laboratório e residência, foram obtidos recursos junto à USP, Conselho Nacional de Pesquisas (CNPq), Fundação Rockefeller e Governo do Estado.
Desde o início de sua existência, o IBM proporcionou condições para que cientistas de todo o país e do exterior realizassem suas pesquisas, e ministrou inúmeros cursos regulares de biologia marinha. Para melhor cumprir suas finalidades, entretanto, foi proposta a transferência do IBM para a Universidade, o que acabou ocorrendo em 17 de dezembro de 1962 pelo Decreto 41-222. No início da década de 70, as instalações do Instituto de Biologia Marinha (IBMar) foram ampliadas, com a construção de um novo alojamento, auditório e biblioteca, e reforma da cozinha e refeitório.
Em 24 de setembro de 1980 o IBMar foi transformado em Centro Inter-unidades e denominado Centro de Biologia Marinha (CEBIMar), devido à alterações no Estatuto (Decreto52.326; 16/dez/69) e Regimento Geral da Universidade de São Paulo (Decreto52.906; 27/mar/72).
Uma nova modificação no Regimento Geral da USP, aprovado em 19 de outubro de 1990, passou a considerar o CEBIMar como um dos seus Órgãos de Integração, constituindo um Instituto Especializado, juntamente com o Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA), Instituto de Eletrotécnica e Energia (IEE), Instituto de Estudos Avançados (IEA) e Instituto de Estudos Brasileiros (IEB).
Os planos de se construir um novo laboratório, especialmente planejado para esse fim, acalentado desde a década de 70, foi finalmente concretizado em 1993. Mesmo reduzido à cerca de 1/3 da área inicialmente planejada, esse edifício proporcionou substancial melhora na infraestrutura laboratorial do CEBIMar, permitindo a realização de um número maior de projetos científicos e melhores condições para realização de experimentos e manutenção de equipamentos.
Livro de registro de visitas - CEBIMar/USP (1955-1971)
Registro dos alunos e pesquisadores que estiveram no Centro de Biologia Marinha da Universidade de São Paulo (CEBIMar/USP), entre os anos de 1955 e 1971.