Além dos projetos desenvolvidos por docentes de seu próprio quadro, o CEBIMar também apoia trabalhos de pesquisadores externos, que utilizam suas instalações e serviços para desenvolver projetos de mestrado, doutorado, pós-doutorado, trabalhos de conclusão de curso, estágios, iniciação científica, entre outros.

O CEBIMar não possui curso de graduação ou de pós-graduação, mas oferece sete disciplinas de graduação optativas (para alunos de graduação da USP, regularmente matriculados).

O CEBIMar também oferece suas instalações e serviços para realização dos trabalhos de campo de disciplinas ou cursos de outras unidades da USP ou de instituições externas à USP.

A extensão universitária diz respeito aos programas, projetos e atividades que levam cultura, conhecimento científico e inovação tecnológica gerados e acumulados na universidade até o público não relacionado diretamente com as atividades de ensino e pesquisa.