Projetos de pesquisa finalizados

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Projeto de pesquisa


  • Caracterização de comunidades bacterianas marinhas por métodos independentes de cultivo utilizando o gene 16S rRNA

     
  • Coordenador do projeto: Irma Nelly Gutierrez Rivera  
  • Autor ou executor principal do projeto: Irma Nelly Gutierrez Rivera  
  • Número do projeto: 865  
  • Categoria: Projeto autônomo 
  • Data de início das atividades no CEBIMar: 03/02/2014  
  • Data de término das atividades no CEBIMar: 19/02/2015  
  • Resumo: Os micro-organismos representam uma das maiores fontes de diversidade genética disponível, apesar do seu tamanho microscópico são formas de vida muito abundantes na biosfera desempenhando funções essenciais nas cadeias alimentares e ciclos biogeoquímicos.  O ecossistema marinho possui grande parcela dessa diversidade procariótica e conhecê-la pode trazer benefícios econômicos, através da produção de antibióticos, agentes terapêuticos, produtos químicos, enzimas e polímeros para aplicações industriais, além de outros benefícios como, prognóstico e prevenção de doenças emergentes em seres humanos, animais e plantas. O isolamento de bactérias em meio de cultura ainda é utilizado para estudo da diversidade em amostras ambientais, porém, este método apresenta suas limitações, pois fornece dados insuficientes para estimar a diversidade microbiana, já que apenas uma parcela das bactérias totais pode ser cultivada. Para explorar os micro-organismos não cultiváveis o DNA dos organismos presentes é extraído e através de ferramentas moleculares, como, polimorfismo de fragmento de restrição terminais “terminal restriction fragment length polymorphism” (T-RFLP) é possível obter informações das comunidades microbianas presentes no ambiente. Com o objetivo de obtermos maiores conhecimentos sobre a microbiota marinha brasileira o presente estudo realizará uma coleta de água do mar na região costeira de São Sebastião - SP e com esta, serão realizadas analises quanto a diversidade bacteriana através de métodos independentes de cultivos utilizando o gene 16 rRNA.
     
  • Metodologia:
    Amostragem: amostras de água do mar do Canal de São Sebastião, São Paulo. (aprox.. 20 L) serão coletados, antes do nascer do sol, a 10cm da superfície em frasco de polipropileno previamente esterilizados.
    Processamento da amostra: as amostras serão filtradas pela técnica da membrana filtrante (0,22 mm, 47 mm)  e as membranas serão transferidas para tubos Falcon e armazenadas à -20 °C até o momento da extração.
    Extração do DNA total: serão utilizados vários métodos: (1) Rivera et al., (2003) com modificações,(2) Kit comercial Power Soil DNA (MO BIO)(3) Kit comercial Power Water DNA (MO BIO) de acordo com as instruções dos autores ou do fabricante.
    Amplificação da região 16S rRNA: os DNA metagenomicos obtidos serão amplificados utilizando os iniciadores 27F marcados com 6-carboxyfuorescein (FAM) e o 1525R de acordo com o protocolo padronizado no laboratório de Ecologia Microbiana Molecular.
    Preparo e análise dos dados do T-RFLP : os produtos amplificados serão digeridos com endonucleases e os produtos serão preparados e enviados para sequenciados automático ABI 3500 Genetic Analyzer. Os dados resultantes serão analisados de acordo com EVERROAD et al., 2012.
     
  • Etapas e cronograma: Amostragem – 1º Trimestre de 2014 e 1º Trimestre de 2015
    Processamento da amostra - 1º Trimestre de 2014 e 1º Trimestre de 2015
    Extração do DNA total - 1º e 2º Trimestre de 2014 e 1º e 2º Trimestre de 2015
    Amplificação da região 16S rRNA - 1º e 2º Trimestre de 2014  e 1º e 2º Trimestre de 2015
    Preparo e análise dos resultados -  2º, 3º e 4º Trimestre de 2014 e 2º, 3º e 4º Trimestre de 2015
      
     
  • Palavras-chave: comunidades bacterianas, ecossistema marinho, T-RFLP, ecologia microbiana molecular 
  • Condições ambientais: Nenhuma condição especial ;   
  • Área necessária no laboratório: bancada de laboratório (4m2) 
  • Equipamentos de laboratório: nenhum 
  • Será necessário: Utilização de embarcação do CEBIMar ;   

  • Outros serviços de laboratório: Uma tomada 110V 
  • Organismos a serem coletados: Coleta de amostras de água do mar 
  • Locais para coleta: Uma coleta em frente à praia do Segredo (latitude 23o 49'50" S, longitude 45o 25' 20" W) 
  • Tipos de resíduos químicos e/ou infectantes a serem gerados durante o projeto:  
  • Quantidade de cada tipo de resíduo:
  • Periodicidade aproximada da geração dos resíduo:
  • Instituição(ções) de origem do projeto:

    • USP. Instituto de Ciências Biomédicas  Departamento de Microbiologia 
     
  • Participante(s) do projeto:

    • Nome: Flávio Augusto Cardozo  
    • Função no projeto: Doutorando 
    • Início das atividades no projeto: 24/03/2014  
    • Fim das atividades no projeto: 18/12/2015  
    • Nome: Maicon Ricardo Zieberg Passini  
    • Função no projeto: Mestrando 
    • Início das atividades no projeto: 06/03/2014  
    • Fim das atividades no projeto: 06/03/2015  
    • Nome: Thiago Nepomuceno  
    • Função no projeto: Mestrando 
    • Início das atividades no projeto: 06/03/2014  
    • Fim das atividades no projeto: 18/12/2015  
     
  • Recurso(s) destinado(s) ao projeto:

    • Situação: Solicitado 
    • Agência de fomento: Fapesp 
    • Tipo de recurso: Auxílio á pesquisa 
    • Especificar o tipo de recurso: Transporte Diárias Aluguel de barco 
    • Recursos em nome de: Irma Nelly Gutierrez Rivera 
    • Recursos destinados ao CEBIMar após o término do projeto: Uso de infraestrutura
       
     

    Produção(ões) bibliográfica(s) gerada(s) pelo projeto:

    Total de produções bibliográficas: 0


  • Data de cadastro do projeto: 24/02/2014  
  • Data da última modificação: 30/04/2014  
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