Projetos de pesquisa finalizados

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Projeto de pesquisa


  • Técnicas de extração de DNA genômico total, amplificação molecular de genes mitocondriais e análises filogenéticas moleculares multiloco

     
  • Coordenador do projeto: Alvaro Esteves Migotto  
  • Autor ou executor principal do projeto: Kátia Capel  
  • Número do projeto: 829  
  • Categoria: Outra categoria 
  • Outra categoria: Treinamento Técnico 
  • Data de início das atividades no CEBIMar: 17/03/2013  
  • Data de término das atividades no CEBIMar: 30/06/2015  
  • Resumo: A presente proposta visa capacitar um técnico em diferentes metodologias empregadas em estudos moleculares voltados a filogenia. As atividades serão divididas em três etapas. Na primeira (aquisição de dados) será focada extração de DNA genômico total de amostras de corais da Ordem Scleractinia. A segunda parte será voltada a amplificação de marcadores genéticos utilizando reações de polimerase em cadeia (PCR), e a última etapa será direcionada a expansão de análises filogenéticas. Tendo duração prevista de 18 meses, a presente proposta visa gerar ao menos duas publicações científicas em periódicos internacionais de expressivo fatores de impacto.
     
  • Metodologia: O primeiro mês de atividade será voltada a extração de DNA genômico das espécies de Scleractinia de mar profundo que já se encontram disponíveis ao presente estudo. Adicionalmente, será dada ênfase a espécies de corais zooxantelados de águas brasileiras, principalmente as de elevado interesse científico por serem endêmicas (p. ex., Mussismilia braziliensis). Nesta etapa será utilizado kit comercial de extração de DNA por meio de coluna (QIAGEN - DNeasy Blood & Tissue Kit). Paralelamente, e com término previsto até o décimo mês de atividades, espera-se que a amplificação de todos os marcadores genéticos esteja concluída. Esta etapa utilizará técnicas de PCR, eletroforese em gel de agarose e purificação de amplicons. Todas estas etapas seguirão os protocolos utilizados por Kitahara et al. (em preparação) e Lin et al. (em preparação), sendo os amplicons limpos utilizando-se kit comercial que incluam “coluna” (p. ex., MO-BIO) e, posteriormente sequenciados utilizando técnicas Sanger (Sanger et al., 1977).
     
  • Etapas e cronograma: O primeiro mês de atividade será voltada a extração de DNA genômico das espécies de Scleractinia de mar profundo que já se encontram disponíveis ao presente estudo. Adicionalmente, será dada ênfase a espécies de corais zooxantelados de águas brasileiras, principalmente as de elevado interesse científico por serem endêmicas (p. ex., Mussismilia braziliensis). Nesta etapa será utilizado kit comercial de extração de DNA por meio de coluna (QIAGEN - DNeasy Blood & Tissue Kit). Paralelamente, e com término previsto até o décimo mês de atividades, espera-se que a amplificação de todos os marcadores genéticos esteja concluída. Esta etapa utilizará técnicas de PCR, eletroforese em gel de agarose e purificação de amplicons. Todas estas etapas seguirão os protocolos utilizados por Kitahara et al. (em preparação) e Lin et al. (em preparação), sendo os amplicons limpos utilizando-se kit comercial que incluam “coluna” (p. ex., MO-BIO) e, posteriormente sequenciados utilizando técnicas Sanger (Sanger et al., 1977).
     
  • Palavras-chave: Biologia Molecular, Anthozoa, Scleractinia 
  • Área necessária no laboratório: Laboratório de Biologia Molecular. 
  • Equipamentos de laboratório: Laboratório de Biologia Molecular. 
  • Outros serviços de laboratório: Nenhum. 
  • Organismos a serem coletados: Nenhum. 
  • Locais para coleta: Nenhum. 
  • Tipos de resíduos químicos e/ou infectantes a serem gerados durante o projeto:  
  • Quantidade de cada tipo de resíduo:
  • Periodicidade aproximada da geração dos resíduo:
  • Instituição(ções) de origem do projeto:

    • USP. Centro de Biologia Marinha   
     
  • Participante(s) do projeto:

    • Nome: Marcelo Visentini Kitahara  
    • Função no projeto: Co-orientador 
    • Início das atividades no projeto: 01/04/2013  
    • Fim das atividades no projeto: 30/06/2015  
     
  • Recurso(s) destinado(s) ao projeto:

    Nenhum recurso incluído.  

    Produção(ões) bibliográfica(s) gerada(s) pelo projeto:

    Total de produções bibliográficas: 0


  • Data de cadastro do projeto: 21/03/2013  
  • Data da última modificação: 23/05/2013  
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