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Projeto de pesquisa


  • Filogeografia de Didemnum ligulum e sua relação com o perfil químico e microbiológico

     
  • Coordenador do projeto: Tito Monteiro da Cruz Lotufo  
  • Autor ou executor principal do projeto: Morgan Jean Gaëtan Danielo  
  • Número do projeto: 962  
  • Categoria: Doutorado 
  • Data de início das atividades no CEBIMar: 17/07/2017  
  • Data de término das atividades no CEBIMar: 30/03/2020  
  • Resumo:
    As ascídias são animais marinhos bentônicos filtradores com ampla distribuição geográfica e batimétrica. Espécies do grupo vem sendo utilizadas como modelos biológicos essenciais para a compreensão de processos diversos, da biologia do desenvolvimento à bioinvasão marinha, sendo também foco de projetos voltados à bioprospecção e diversidade química. A espécie Didemnum ligulum é uma ascídia encontrada desde a Ilha de Guadalupe, onde foi descrita, até o estado de Santa Catarina, no sul do Brasil, com ocorrência também em ilhas costeiras e oceânicas do Atlântico. Assim como diversos animais marinhos, as ascídias produzem e contém um diverso espectro de metabólitos, muitos dos quais oriundos da rica microbiota associada a seus diversos tecidos. De forma a se compreender como a geografia, microbiota, e genética da espécie influenciam a diversidade química, este projeto pretende estudar a filogeografia de D. ligulum. Estudos sobre a metagenômica e metabolômica da espécie ao longo do Atlêntico tropical serão desenvolvidos por equipes parceiras na Universidade de São Paulo e Universidade Federal do Ceará. Para a filogeografia será utilizado o método de DDRAD-seq, utilizando plataforma de sequenciamento de última geração para a produção de dados sobre a estrutura genética das populações, permitindo avaliação de fluxo gênico e padrão geográfico da distribuição das linhagens. Dessa forma, será possível uma análise integrativa dos componentes genéticos, oceanográficos, microbiológicos e químicos.
     
  • Metodologia: A coleta será realizada em diferentes áreas ao longo do Atlântico tropical, entre o estado do Ceará e o estado de Santa Catarina, incluindo as ilhas oceânicas e a localidade-tipo da espécie no Caribe. Para as coletas no estado de São Paulo, as localizações são as unidades costeiras da Universidade de São Paulo (USP), principalmente a base do IOUSP em Ubatuba e o Centro de Biologia (CEBIMAR) em São Sebastião. A população de referência será a população de Guadalupe, pois é a localidade tipo da espécie descrita por Françoise Monniot em 1983 (Monniot 1983). Além disso, Caribe é um hotspot de biodiversidade, há uma grande diversidade de espécies da flora e fauna que são endêmicas desta ecoregião (Mittermeier et al. 2015).
    Os exemplares coletados terão fragmentos de suas colônias conservados em Chaos. O DNA será extraído por meio de kits comerciais (Qiagen QIAamp micro kit) ou por meio de protocolo utilizando a resina Chelex.A variabilidade genética entre as amostras será avaliada utilizando o método RADseq, seguindo o protocolo de digestão dupla (Peterson et al. 2012). O aplicativo Stacks será utilizado para identificação dos SNPs a partir das sequências obtidas no Illumina. Os dados gerados a partir do Stacks serão analisados por meio do aplicativo Structure, permitindo a avaliação da estruturação genética das populações e inferência da história evolutiva das linhagens das espécies estudadas. As análises químicas e microbiológicas serão realizadas por parceiros na USP -Ribeirão Preto e Universidade Federal do Ceará.
     
  • Etapas e cronograma: Cronograma

     
    Primeiro semestre
    Segundo semestre
    2017
    ·       Coletas dos indivíduos
    ·       Coletas dos indivíduos
    ·       Ajuste do protocolo
    2018
    ·       Coleta dos indivíduo
    ·       Análise dos dados
    2019
    ·       Análise dos dados
    ·       Redação de artigo
    ·       Análise dos dados
    ·       Redação de artigo
    2020
    ·       Redação de artigo
     
     
  • Palavras-chave: genética populacional, biogeografia marinha, química, holobionte 
  • Condições ambientais: Baixo hidrodinamismo ;   
  • Área necessária no laboratório: 20-30 metros quadrados. 
  • Equipamentos de laboratório: Lupas,  
  • Será necessário: Auxílio técnico para coleta de organismos ou observações de campo ;   

  • Outros serviços de laboratório: Acesso ao laboratório de biologia molecular. 
  • Organismos a serem coletados: Didemnum ligulum 
  • Locais para coleta: Costões da praia do segredo e praia do cabelo gordo 
  • Tipos de resíduos químicos e/ou infectantes a serem gerados durante o projeto: Não deveremos ter resíduos. 
  • Quantidade de cada tipo de resíduo: Não deveremos ter resíduos.
  • Periodicidade aproximada da geração dos resíduo: Não deveremos ter resíduos.
  • Instituição(ções) de origem do projeto:

    • USP. Instituto Oceanográfico   
     
  • Participante(s) do projeto:

    • Nome: Carolina Cristina Medeiros  
    • Função no projeto: Mestrando 
    • Início das atividades no projeto: 15/09/2017  
    • Fim das atividades no projeto: 04/09/2019  
    • Nome: Letícia Veras Costa Lotufo  
    • Função no projeto: Outra função 
    • Início das atividades no projeto: 10/08/2017  
    • Fim das atividades no projeto: 10/08/2020  
     
  • Recurso(s) destinado(s) ao projeto:

    • Situação: Concedido 
    • Agência de fomento: Fapesp 
    • Tipo de recurso: Auxílio á pesquisa 
    • Especificar o tipo de recurso: Projeto Temático FAPESP 2015/17177-6 aprovado. 
    • Recursos em nome de: Letícia Veras Costa Lotufo 
     

    Produção(ões) bibliográfica(s) gerada(s) pelo projeto:

    Total de produções bibliográficas: 0


  • Data de cadastro do projeto: 20/06/2017  
  • Data da última modificação: 19/10/2017  

          

            Notícias

    

                  

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