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Projeto de pesquisa


  • Caracterização genômica dos corais escleractíneos formadores de recifes de profundidade do Sudeste do Brasil 

     
  • Coordenador do projeto: Marcelo Visentini Kitahara  
  • Autor ou executor principal do projeto: Marcelo Visentini Kitahara  
  • Número do projeto: 928  
  • Categoria: Projeto autônomo 
  • Data de início das atividades no CEBIMar: 03/08/2015  
  • Data de término das atividades no CEBIMar: 29/11/2019  
  • Resumo: Com ocorrência reportada em todos os oceanos e possuindo registros fósseis datados do pré-Cambriano (ca. 580 Ma – Chen et al. 2002), o Filo Cnidaria representa um dos ramos mais basais dentre os metazoários. Como sugerido por seu nome (gr. cnidos = urticante, irritante) todos os representantes deste grupo possuem células urticantes especializadas (cnidócitos), advogadas de terem sido herdadas de um único ancestral (Caldwell 2008). Em sua totalidade, este Filo abrange mais de 9000 espécies distribuídas em seis classes (Jiménez-Guri et al. 2007, Evans et al. 2008), das quais Anthozoa é caracterizada pela enorme diversidade taxonômica, ecológica e geográfica. Dentre os antozoários, a ordem Scleractinia é a única que apresenta esqueleto externo contínuo, mineralogicamente composto por pequenos cristais de carbonato de cálcio na forma de aragonita (Wells 1956). Das aproximadamente 1500 espécies recentes de corais escleractíneos, cerca de 715 não apresentam associação simbiótica com dinoflagelados fotossintetizantes (Cairns 2007), sendo desta forma conhecidos como corais azooxantelados. Heterotróficos, os corais azooxantelados não estão restritos a regiões tropicais rasas, sendo encontrados do Ártico (Roberts et al. 2009) à regiões Antárticas (Cairns 1982) em profundidades de até 6300 m (Keller 1976).
    De acordo com Roberts et al. (2009), o termo “recife” pode ser definido como: “estruturas biogênicas, tri-dimensionais, auto-sustentáveis, e que influenciam processos hidrodinâmicos, sequestram sedimentos e proporcionam habitats para inúmeras espécies”. Desta forma, ao contrario do que se acreditava, recifes de corais não são restritos a amb
     
  • Metodologia: Caracterização genômica das espécies formadoras de bancos e/ou recifes de profundidade do sudeste do Brasil
    Provavelmente um dos maiores desafios do presente subprojeto será a coleta e preservação apropriada dos espécimes de corais de água profunda L. pertusa, M. oculata e S. variabilis que serão utilizados para a extração e sequenciamento de RNAs e DNA (entretanto, será de grande auxílio para o desenvolvimento de pesquisas futuras, se espécimes de espécies solitárias de profundidade forem concomitantemente coletadas e preservadas). De forma geral, amostras das três espécies supracitadas já foram coletadas pela divisão de pesquisa da Petrobrás (CENPES) na Bacia de Campo e em menor quantidade na Bacia de Santos. Contudo, para a utilização das técnicas de sequenciamento paralelo de nova geração (vide abaixo), novas coletas se fazem necessárias, uma vez que os espécimes já coletados foram preservados congelados (-20ºC) ou em etanol. Entretanto, estas amostras não foram bem fixadas e seu DNA se encontra bastante degradado o que impossibilita o sequenciamento genômico. Além disso, ambos os métodos supracitados resultam na degradação dos RNAs, uma vez que não impedem a ação das ribonucleases (RNAses), as quais rapidamente fragmentam as moléculas de RNA. Desta forma, visando a preservação qualitativa e quantitativa dos RNAs, que uma vez sequenciados auxiliarão sobremaneira na “montagem dos genomas” de suas respectivas espécies, é de grande interesse que um dos participantes do projeto (ou aluno/técnico vinculado) participe das expedições científicas para coleta e preservação de corais azo
     
  • Etapas e cronograma:  Vide documento anexo.
     
    1) Relatório detalhado acerca da implantação do projeto, delineamento amostral das coletas, coleta e preservação dos espécimes e extração de RNAs (espécime de referência e de diferentes faixas batimétricas) e DNA (um espécime de cada espécie); 2) Extração de RNAs totais dos espécimes subjugados a estressores, preparação das bibliotecas necessárias para o sequenciamento dos transcritos e DNA e entrega parcial dos dados brutos obtidos até a data referente ao sequenciamento dos transcritos e DNA; 3) Entrega dos dados parciais referentes aos sequenciamentos dos transcritos e DNA de L. pertusa, M. oculata e de L. pertusa; 4) Entrega das análises parciais dos transcritos e genomas; 5) Entrega das análises dos transcriptomas e genomas montados das quatro espécies de corais formadores de bancos/recifes de profundidade da Bacia de Campos e Santos.  (+) Indica a necessidade que as coletas sejam feitas nos primeiros 2 meses de execução do projeto.    
     
  • Palavras-chave: Scleractinia; genética; conectividade; genômica 
  • Área necessária no laboratório: Laboratório Molecular; Salas 03 e 09 do edifício Paulo Sawaya; laboratório de tanques. 
  • Equipamentos de laboratório: Equipamentos do laboratório molecular, incluindo: geladeira; freezer; centrífuga; termociclador; espectrofotômetro de micro-volumes; transiluminador; fonte e cuba de eletroforese; etc. 
  • Outros serviços de laboratório: N/A. 
  • Organismos a serem coletados: N/A. 
  • Locais para coleta: N/A. 
  • Tipos de resíduos químicos e/ou infectantes a serem gerados durante o projeto: Tampões utilizados em laboratórios de biologia molecular (TBE e TAE); plásticos oriundos de atividades de laboratório molecular (ponteira de micropipeta, microtubos, etc.). 
  • Quantidade de cada tipo de resíduo: Tampões: 5L/ano Plásticos: 1kg/mês
  • Periodicidade aproximada da geração dos resíduo: vide acima.
  • Instituição(ções) de origem do projeto:

    • Outra instituição  Universidade Federal de São Paulo  
     
  • Participante(s) do projeto:

    • Nome: Alvaro Esteves Migotto  
    • Função no projeto: Outra função 
    • Início das atividades no projeto: 03/08/2015  
    • Fim das atividades no projeto: 29/11/2019  
    • Nome: Bruna Louise Pereira Luz  
    • Função no projeto: Outra função 
    • Início das atividades no projeto: 03/08/2015  
    • Fim das atividades no projeto: 29/11/2019  
    • Observações: Doutoranda do Prof. Dr. Marcelo Visentini Kitahara.
       
    • Nome: Carla Zilberberg  
    • Função no projeto: Outra função 
    • Início das atividades no projeto: 03/08/2015  
    • Fim das atividades no projeto: 29/11/2019  
    • Observações: Co-coordenadora.
       
    • Nome: Kátia Capel  
    • Função no projeto: Outra função 
    • Início das atividades no projeto: 03/08/2015  
    • Fim das atividades no projeto: 29/11/2019  
    • Observações: Doutoranda da Profa. Dra. Carla Zilberberg.
       
    • Nome: Rafaela Favarin Retcheski  
    • Função no projeto: Outra função 
    • Início das atividades no projeto: 13/10/2016  
    • Fim das atividades no projeto: 30/11/2019  
     
  • Recurso(s) destinado(s) ao projeto:

    • Situação: Solicitado 
    • Agência de fomento: Outra agência. CENPES/Petrobras 
    • Tipo de recurso: Outro tipo de recurso 
    • Especificar o tipo de recurso: Projeto de Desenvolvimento e Inovação 
    • Recursos em nome de: Marcelo Visentini Kitahara 
    • Recursos destinados ao CEBIMar após o término do projeto: Precisamos aguardar o posicionamento de financiamento ou não do projeto para discutir junto a Comissão de Pesquisa os recursos que serão destinados ao CEBIMar.
       
     

    Produção(ões) bibliográfica(s) gerada(s) pelo projeto:

    Total de produções bibliográficas: 0


  • Data de cadastro do projeto: 23/06/2015  
  • Data da última modificação: 02/10/2015  
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