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Projeto de pesquisa


  • Genômica e conectividade dos corais de profundidade Madrepora oculata e Solenosmilia variabilis
     

     
  • Coordenador do projeto: Marcelo Visentini Kitahara  
  • Autor ou executor principal do projeto: Kátia Capel  
  • Número do projeto: 1004  
  • Categoria: Pós-doutorado 
  • Data de início das atividades no CEBIMar: 04/09/2018  
  • Data de término das atividades no CEBIMar: 29/02/2020  
  • Resumo: Recifes de coral estão entre as estruturas mais antigas construídas por organismos vivos, sustentando uma vasta biodiversidade em águas rasas e profundas. Recifes de profundidade (> 100 m) são construídos primariamente por corais escleractíneos azooxantelados, que não estabelecem a relação simbiótica com dinoflagelados fotossintetizantes (zooxantelas) encontrada nos corais zooxantelados, que são os principais responsáveis pela construção de recifes de água rasa. Embora o número de espécies de corais escleractíneos que contribuem para a construção de recifes de água rasa seja cerca de 80 vezes maior que o documentado para águas profundas, os ambientes de profundidade abrigam uma diversidade comparável à encontrada em recifes tropicais rasos. No entanto, estudos ecológicos e moleculares envolvendo corais azooxantelados ainda são escassos em comparação com os direcionados aos corais zooxantelados, principalmente devido ao difícil acesso às amostras. A presente proposta visa montar o genoma nuclear completo de duas espécies que participam ativamente da construção de recifes de profundidade, Madrepora oculata e Solenosmilia variabilis, e avaliar a diversidade genética e conectividade de populações distribuídas nas bacias de Santos, Campos e Espírito Santo no Atlântico Sul. A abordagem genômica permitirá analises comparativas com espécies zooxanteladas de água rasa, possibilitando uma melhor compreensão sobre a evolução da relação simbiótica e as adaptações associadas aos diferentes estilos de vida das espécies. Adicionalmente, análises populacionais nos darão uma perspectiva de como as 
  • Metodologia: Amostras das espécies Madrepora oculata e Solenosmilia variabilis serão coletadas de bancos de corais em diferentes faixas de profundidades nas Bacias de Campos, Santos e Espirito Santo com o auxílio de veículos de operação remota (ROV). Para o sequenciamento dos genomas completos de M. oculada e S. variabilis, o DNA total de ambas espécies será extraído com fenol/clorofórmio, e posteriormente serão produzidas bibliotecas a partir de técnicas de fragmentação. As estratégias de sequenciamento utilizarão as plataformas Illumina MiSeq e HiSeq.
    Para o sequenciamento do RNA total, pelo menos cinco espécimes de M. oculada e S. variabilis terão seus respectivos RNAs totais extraídos, convertidos em biblioteca cDNA e sequenciadas na plataforma NGS Illumina (HiSeq). Posteriormente, dez dos fragmentos de cada espécie serão subjugadas a mudanças sistemáticas de temperatura, pH, etc. Um fragmento de cada espécie subjugado a cada um destes tratamentos, terá o RNA extraído e sequenciado. Os genomas obtidos serão comparados com os genomas já disponíveis utilizando os métodos empregados por Voolstra et al. (2017).
    A partir dos dados obtidos com o sequenciamento, serão desenvolvidos de 30-40 loci de microssatélites para a espécie Madrepora oculata. Desses, entre 10 e 15 loci serão amplificados e genotipados para as análises de diversidade genética e conectividade. Para a espécie S. variabilis, serão testados os 9 loci de microssatélites já descritos. Caso a amplificação não tenha sucesso, o mesmo método descrito acima será utilizado para o desenvolvimento de novos marcadore 
  • Etapas e cronograma: O primeiro ano do projeto (entre setembro de 2018 e setembro de 2019) será voltado para a descrição do genoma nuclear completo das espécies Madrepora oculata e Solenosmilia variabilis, incluindo todas as etapas de laboratório e análise. A segunda etapa do projeto, que envolve o desenvolvimento e teste de marcadores microssatélites terá início em maio de 2019, com final previsto para o fim do projeto, em fevereiro de 2020. 
     
  • Palavras-chave: Scleractinia, genética de populações, recifes de profundidade 
  • Área necessária no laboratório: Laboratório molecular e sala para trabalho de computador. 
  • Equipamentos de laboratório: Termociclador, centrífuga, geladeira, microondas. 
  • Outros serviços de laboratório: Não se aplica. 
  • Organismos a serem coletados: Não se aplica. 
  • Locais para coleta: Não se aplica. 
  • Tipos de resíduos químicos e/ou infectantes a serem gerados durante o projeto: Não se aplica. 
  • Quantidade de cada tipo de resíduo: Não se aplica.
  • Periodicidade aproximada da geração dos resíduo: Não se aplica.
  • Instituição(ções) de origem do projeto:

    • USP. Centro de Biologia Marinha   
    • Outra instituição  Universidade Federal do Rio de Janeiro 
     
  • Participante(s) do projeto:

    • Nome: Carla Zilberberg  
    • Função no projeto: Outra função 
    • Início das atividades no projeto: 04/09/2018  
    • Fim das atividades no projeto: 28/02/2020  
    • Nome: Ligia Massa Bacellar Mendes  
    • Função no projeto: Outra função 
    • Início das atividades no projeto: 07/02/2019  
    • Fim das atividades no projeto: 28/02/2020  
     
  • Recurso(s) destinado(s) ao projeto:

    • Situação: Concedido 
    • Agência de fomento: Outra agência. Cenpes-Petrobrás 
    • Tipo de recurso: Outro tipo de recurso 
    • Especificar o tipo de recurso: Projeto 
    • Recursos em nome de: Carla Zilberberg 
     

    Produção(ões) bibliográfica(s) gerada(s) pelo projeto:

    Total de produções bibliográficas: 0


  • Data de cadastro do projeto: 04/09/2018  
  • Data da última modificação: 24/10/2018  

          

            Notícias

    

                  

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